В процессе разработки планировалось множество локаций, однако не все попали в финальную версию.[10] Это:
Ранняя версия Кордона
Больше по площади финальной версии. Принцип расположения основных объектов сохранился. Из не сохранившихся объектов можно отметить старую фабрику на месте АТП. Некоторые части этой фабрики находятся в финальной версии на Дикой Территории. Частично остался в мультиплеере на карте «Завод „Янтарь“». Также присутствует пара небольших хуторов за железнодорожном мостом.
Кишка Зоны
(другие названия — Темная Лощина, Darkscape). Вырезана из игры, хотя очертания на карте Зоны присутствуют. Играбельна в сборке 2571. На сохранившемся загрузочном экране видно главную достопримечательность локации — полуразрушенный железнодорожный мост между двумя тоннелями. Этот мост можно разглядеть на общей карте Зоны правее Кордона. Немного покопавшись, можно было узнать, что там были скриптовые сцены с кровососами, герой ехал через неё на автомобиле, за героем гнался военный вертолёт из Тёмной Долины, и там были бандиты. Часто ошибочно «Кишкой Зоны» называли локацию «Генераторы». Из-за похожести названий Darkscape и Escape (Кордон) локацию ошибочно называют Darkescape - Темный Кордон.
Покинутая деревня
(другие названия — Затерянная деревня, Собачья деревня). Представляет небольшую деревню, разделённую глубоким разломом. В игре присутствует в виде карты для сетевой игры. В составе локации угадываются дома, ранее находившиеся на Кордоне старой версии. На данный момент реальность локации как части игрового мира сомнительна.
Мёртвый Город
Из игры вырезан, в «Чистом Небе» его прототип как заброшенного города — Лиманск (сам город остался на карте южнее). Довольно маленький городок к западу от Военных Складов, в нём жили энергетики, не имевшие дома в Припяти и Чернобыле. Понятно, Мёртвый Город вымышлен. По задумке разработчиков, там должны были находиться базы бандитов и наёмников. Играбелен во многих сборках, где показывает себя во всей красе. В городе есть канализация, по которой игрок должен был удирать от наёмников с их базы.
Болота
Вырезаны из игры в связи с проблемами производительности компьютеров времени разработки[17], возвращены в «Чистом Небе», но в несколько ином виде. Огромный массив непролазных топей. Играбельны в некоторых сборках, где представляют ненаселенную локацию, затопленную водой, кое-где на которой остались следы цивилизации. Посередине локации её пересекает от начала до конца автомобильное шоссе из Мертвого Города.
Подземелья Припяти
По дизайн-документам в планы разработчиков входило создание огромной подземной локации, соединяющей все лаборатории и объекты в одно целое. Таким образом, например, из X-18 можно было попасть на ЧАЭС. Яростно охраняются «Монолитом». Реализовано не было, но в игре повсеместно встречаются отсылки в виде заваленных ходов и железнодорожные пути под землёй. В «Зове Припяти» часть этой локации была возвращена в Путепроводе «Припять-1».
Генераторы
Небольшая локация севернее ЧАЭС, по сути является наиважнейшей, поскольку Второй взрыв произошёл там. Об этом говорит статья в ПДА о происхождении Зоны: «С помощью спутников удалось выяснить, что эпицентр взрыва находился не у блоков самой АЭС, а в километре от них». Центральная часть занята сооружением, состоящим из выстроенных кругом шаров (генераторов) и находящейся в центре антенны. Около каждого шара находится участок вспученной земли. Местность покрыта мертвым лесом, присутствуют болота. Невдалеке от установки находится военная база с подземным ходом наружу. Также присутствует небольшая деревня. В оригинальной версии генераторы помещены на локацию ЧАЭС, и выстроены прямоугольником для компактности, так как при этом АЭС становится ключевым объектом игры. Ранее ошибочно приравнивалась к локации Darkscape.
Ранняя версия Свалки
Сильно отличающаяся от самой себя в финальной версии. В несколько раз больше оригинала.
Военная лаборатория
(Лаборатория X-17). Подземная лаборатория-бункер — по сути, должна была являться базой О-Сознания, которая в финальной версии находится на ЧАЭС, располагалась на локации Генераторы. Вырезана из игры, но присутствует в некоторых файлах в папке gamedata как warlab. Играбельна в билде 1935. Некоторые части лаборатории присутствуют в финальной версии игры, на Тёмной долине, Лабораториях X-18, X-10 и X-16. Локация возвращена в «Зове Припяти» под названием «Лаборатория Х-8»
Янтарь
Изначально выглядел совсем иначе, нежели в релизе. В своем истинном виде присутствует в билде 1935. Здесь нет болота и завода с зомби, зато вместо этого имеется довольно большая деревня, отдаленно напоминающая деревню кровососов на Военных складах. Также здесь вместо мобильного бункера Сахарова находится огромный научный комплекс со спутниковыми тарелками. Сам бункер присутствует, но судя по всему, это контур без внутренних помещений. Под локацией расположены огромные туннели и катакомбы.
Росток
Присутствует в ряде ранних сборок игры. Реальным прототипом послужил одноимённое предприятие в Киеве, где располагался офис GSC.[17] Слегка изменённый, присутствует в игре в виде карты мультиплеера. «Разобран» при создании завода близ Янтаря. Название сначала перенесено на базу Долга и бар, а после её разделения  — на железнодорожную станцию.